科研部门：
热带森林生态学重点实验室
热带植物可持续利用重点实验室
综合保护中心
支撑系统：
公共技术服务中心
标本与种质保存中心
西双版纳生态站
哀牢山生态站
元江干热河谷生态站
景东亚热带植物园
中国植物园联盟秘书处
东南亚生物多样性研究中心
管理部门：
综合办公室
科技外事处
人事教育处
财务处
条件保障与后勤处
昆明分部办公室
业务机构：
园林园艺部
旅游管理部
环境教育中心
